Στις αρχές του 19ου αιώνα, κατοικούνταν από 360 Ορθόδοξους Έλληνες. Οι Έλληνες είχαν οργανωθεί σε Κοινότητα. Λειτουργούσε μάλιστα Ελληνικό δημοτικό σχολείο. Με το ξέσπασμα των εθνικών ανταγωνισμών μετά το 1878, το χωριό δέχτηκε βίαιες πιέσεις από τη Βουλγαρική πλευρά. Οι Αξιοχωρίτες όμως πέτυχαν να διατηρήσουν σε λειτουργία το δημοτικό σχολείο χάρη στις άοκνες προσπάθειες των εφοροεπιτρόπων Τραϊανού Αντωνίου και του Δημήτριου Γιοβάνη. Σημαντικός Μακεδονομάχος από το Αξιοχώρι ήταν επίσης ο Στοΐλης, που έχασε τη ζωή του το 1907, σε συμπλοκή των ενωμένων σωμάτων των οπλαρχηγών Παντελή Παπαϊωάννου, Ιωάννη Ραδιναλή και Γεώργιου Βολιώτη (από τη Βογδάντσα), με Οθωμανικό απόσπασμα στην Κερκίνη. Αποτέλεσμα των Βουλγαρικών επιθέσεων στην περιοχή ήταν να μειωθεί τελικά ο αριθμός των κατοίκων. Έτσι, σύμφωνα με την απογραφή του 1920 καταγράφονται μόνο 75 κάτοικοι.
Γύρω στα 1922 εγκαθίστανται οι πρώτοι πρόσφυγες από τον Πόντο. Στα επόμενα χρόνια στον πληθυσμό προστέθηκαν και πρόσφυγες από την Ανατολική Θράκη και τέλος (1925) την Ανατολική Ρωμυλία.
Αρχικά οι πρόσφυγες έστησαν τα νοικοκυριά τους στις πλαγιές των υψωμάτων προς το κανάλι του Αξιού, λίγο μακρύτερα από τον παλιό οικισμό. Η υπερβολική ζέστη του καλοκαιριού και τα πολλά κουνούπια του ποταμού, τους ανάγκασαν να ανηφορίσουν στην κορυφή των λόφων, όπου ήταν ο παλαιός οικισμός (και τελικά και ο σύγχρονος). Σε αυτή την περιοχή ήταν και το σχολείο των ντόπιων. Ένα από τα λιγοστά Ελληνικά σχολεία, που λειτουργούσαν πριν την απελευθέρωση του 1913. Το παλιό σχολείο (κτισμένο γύρω στο 1850) συνέχισε να στεγάζει τις εκπαιδευτικές ανάγκες του πληθυσμού έως το 1925. Πρώτος δάσκαλος ανέλαβε ο Αναστάσιος Καπασακάλης.
Στις παρυφές του λόφου Τούμπα, στο χώρο όπου σήμερα βρίσκεται ο ιερός ναός Μεταμορφώσεως του Σωτήρος, κατά τη διάρκεια του 1925 χτίστηκε το νέο σχολείο, με δύο αίθουσες και ξύλινα πατώματα. Το σχολείο κτίστηκε αποκλειστικά από Αξιοχωρίτες οι οποίοι δούλεψαν σκληρά, μέρα - νύχτα. Κουβαλούσαν με τα κάρα αλλά και με τα χέρια, νερό, πέτρες, μεγάλα πληθιά και ξύλα.
Δέκα χρόνια μετά, το 1935, οι Αξιοχωρίτες βασισμένοι αποκλειστικά στις δικές τους δυνάμεις, ξεκινούν τη θεμελίωση του σημερινού ιερού ναού. Ο πόλεμος του 1940 και αργότερα ο εμφύλιος τους αναγκασε να σταματήσουν το μεγάλο αυτό έργο. Τελικά, τελείωσε 18 χρόνια αργότερα, το 1953.
Το 1948, χρονιά που εγκαθίστανται και μερικές οικογένειες Σαρακατσαναίων, χτίζεται η τσιμεντένια γέφυρα του καναλιού και ενεργοποιείται το πρωτότυπο φέρυ-μποτ, το Σάλι. Σκοπός του ήταν η εύκολη μεταφορά τους αντίκρυ, στην απέναντι όχθη του Αξιού, προκειμένου να καλλιεργηθούν τα 1.000 περίπου στρέμματα γης που υπάρχουν εκεί. Οι Αξιοχωρίτες (μέχρι την συνένωση του χωριού με το δήμο Πολυκάστρου το 1998) υλοποίησαν με δικά τους έξοδα και εργασία αρκετά έργα υποδομών, μεταξύ αυτών και το έργο υδροδότησης, που έλυσε το σοβαρότερο πρόβλημα του χωριού.
Ο Μενέλαος Λουντέμης (1912-1977) στα τέλη της δεκαετίας του 1930 περιγράφει στο έργο του Αγέλαστη άνοιξη την ζωή των κατοίκων της περιοχής, ως δάσκαλος που εργάσθηκε στο χωριό που το ονομάζει Αξιοκώμη και με τις περιγραφές του «φωτογραφίζει» το σημερινό Αξιοχώρι.
Παρά το Αξιοχώρι βρίσκονταν η αρχαία Αμυδών. Στο αρχαιολογικό μουσείο Θεσσαλονίκης υπάρχουν ευρήματα απ' τους αρχαιολογικούς χώρους του Αξιοχωρίου.
